Bland Altman Plot

理学療法の時間記録の信頼性の研究．2単位のセッションを対象として10セッション記録した．理学療法士は自分が理学療法を実施した時間を終了後に記録，別の理学療法士はビデオで撮影した記録から理学療法を実施している時間を測定した．ただし患者へのオリエンテーション、問診など運動を伴わない時間は除外した．単位は分．PTの記録時間をpt_time、ビデオで測定した時間をv_timeとする．

架空のデータセットを作成

ID <- 1:10
pt_time <- c(
  35.1, 37.2, 41.5, 30.9, 33.3, 
  35.5, 28.6, 36.6, 38.8, 42.3
)
v_time <- c(
  30.5, 28.9, 35.3, 30.0, 25.3,
  31.2, 24.1, 28.6, 35.5, 34.3
)

ここではベクトルしか使用しませんが、イメージするためにデータフレームも作成しておきます

data <- data.frame(ID, pt_time, v_time)
＃確認したい場合は、View(data)

使用するパッケージ

library(BlandAltmanLeh)

# パッケージの読み込み
library(BlandAltmanLeh)

# Bland-Altman統計の実行
ba <- bland.altman.stats(pt_time, v_time)

# 結果の確認
print(ba)

不明な部分は、そのままAIにコピペして尋ねましょう．例えば，

library(BlandAltmanLeh)を使用して、bland.altman.statsを実行したら以下のような解になりました．意味を教えてください．
$CI.lines
lower.limit.ci.lower lower.limit.ci.upper   mean.diff.ci.lower 
           -2.384671             3.808243             3.822260 
  mean.diff.ci.upper upper.limit.ci.lower upper.limit.ci.upper 
            7.397740             7.411757            13.604671 

以下がChatGPTの答えです

bland.altman.stats 関数によって返される結果の中の $CI.lines セクションは、Bland-Altman解析における信頼区間に関する情報を含んでいます。具体的には、このセクションでは、平均差（mean difference）とその上限と下限に対する95%信頼区間が示されています。ここでの各項目の意味は以下の通りです：

• lower.limit.ci.lower:
• 平均差の下限の信頼区間の下限値です。この値は、平均差の下限が取りうる最も低い値を示しています。
• lower.limit.ci.upper:
• 平均差の下限の信頼区間の上限値です。この値は、平均差の下限が取りうる最も高い値を示しています。
• mean.diff.ci.lower:
• 全体の平均差の信頼区間の下限値です。この値は、全体の平均差が取りうる最も低い値を示しています。
• mean.diff.ci.upper:
• 全体の平均差の信頼区間の上限値です。この値は、全体の平均差が取りうる最も高い値を示しています。
• upper.limit.ci.lower:
• 平均差の上限の信頼区間の下限値です。この値は、平均差の上限が取りうる最も低い値を示しています。
• upper.limit.ci.upper:
• 平均差の上限の信頼区間の上限値です。この値は、平均差の上限が取りうる最も高い値を示しています。

これらの値は、測定値の一致性や再現性を評価する際に、どの程度のばらつきが許容されるか（つまり、どの程度の差が平均的に見られるか、そしてそれが統計的にどの程度の信頼性を持って言えるか）を示すのに役立ちます。平均差の信頼区間は、二つの測定法がどの程度一致しているか（またはずれているか）を示すもので、その幅が狭いほど一致度が高いと考えられます。

ブランドアルトマンプロット

bland.altman.plot(pt_time, v_time)

95%信頼区間を追加

# Bland-Altmanプロットの作成
bland.altman.plot(
  pt_time, 
  v_time, 
  conf.int = 0.95,   # 95% 信頼区間を含める
  graph.sys = "base", # base グラフィックシステムを使用
  two = 1.96,        # 95% 信頼区間の幅
  mode = 1           # 標準的なBland-Altmanプロット
)