級内相関係数, Case2, ICC(2, 1), ICC(2, k)

$ICC(1,1)：$は、一人の評価者が測定した値の信頼性や一貫性を評価します
$ICC(1,k)：$は、一人の評価者が測定した値の平均値の信頼性や一貫性を評価します

$ICC(2, 1)$では、数名の評価者が測定した値の信頼性や一貫性を評価します
$ICC(2, k)$では、数名の評価者が測定した平均値の信頼性や一貫性を評価します

$ICC(3, 1)$では、評価者を固定した場合の測定値の信頼性や一貫性を評価します（評価者間のばらつきは考慮されません）
$ICC(3, k)$では、評価者を固定した場合の測定値の平均値の信頼性や一貫性を評価します（評価者間のばらつきは考慮されません）

下記の文献のICC(2, 1)、ICC(2, k)をRでやってみます.

Shrout PE, Fleiss JL. Intraclass correlations: uses in assessing rater reliability. Psychol Bull. 1979 Mar;86(2):420-8. doi: 10.1037//0033-2909.86.2.420.

サンプルはここからです（いつもお世話になってます）

統計学入門−第5章

www.snap-tck.com

この記事を読まれる前にICC(1, 1)、ICC(1, k)をご参照ください

例題

3名の評価者が10名の患者に検査を実施した場合の誤差について検証します

データの準備と要約

ICC(1, 1)、ICC(1, k)で使用したデータと同じファイルになります

ここではtest1=評価者1、test2=評価者2、test3=評価者3とします

使用するパッケージ

library(irr)
library(tidyr)
library(ggplot2)

縦のデータに変換

dat2 <- tidyr::gather(
    dat[,-5],
    key=PT,
    value=data,
    -ID)
head(dat2)

変数をfactorへ変換（ここを忘れたらグラフが変わります）

dat2$PT <- as.factor(dat2$PT)
dat2$ID <- as.factor(dat2$ID)

グラフでデータ構造を可視化

g1 <- ggplot2::ggplot(
    dat2,
    aes(x = ID, y = data)
)

g2 <- g1 + geom_jitter(
    height=0, width =0.1, size = 3,
    aes(colour = PT)
) 

m <- mean(dat2$data)

g2 + theme_test() + 
    xlab("ID") + ylab("評価者3名の検査結果") +
    geom_hline(aes(yintercept = m),
    color = "red"
)

test1=評価者1、test2=評価者2、test3=評価者3