Rで作る分割表（クロス表）

#検査結果 0=陰性、1=陽性
検査結果 <- c(rep("陰性",70), rep("陽性",75))  

#罹患 0=無し、1=あり
罹患 <- c(
  rep("無し", 45),
  rep("あり", 25), 
  rep("無し", 8), 
  rep("あり", 67)
)  

tab <- xtabs(~ 検査結果 + 罹患)
print(tab)

検査結果 <- factor(検査結果)
罹患 <- factor(罹患)

class(検査結果)
class(罹患)

levels(検査結果)
levels(罹患)

as.integer(検査結果)
as.integer(罹患)

# データフレームの作成
dat <- data.frame(
    c(rep("あり", 15),rep("なし", 15)),
    c(rep("あり", 9), rep("なし", 6), rep("あり", 5), rep("なし", 10)),
    c(rep("有効", 12), rep("無効", 3), rep("有効", 4), "無効", "有効", "有効", rep("無効", 8))
)
# 列名を変更
colnames(dat) <- c("筋トレ", "歩行練習", "効果")
# 先頭6行の確認
head(dat)

tab1 <- xtabs(
    ~筋トレ + 効果,
    data=dat
)
print(tab1)

write.csv(tab1, file="tab1.csv",fileEncoding="UTF-8")

write.csv(tab1, file="tab1.csv",fileEncoding="Shift-JIS")

addmargins(tab1)

tab1[c("あり","なし"), c("有効", "無効")]

t(tab1)

tab2 <- xtabs(~筋トレ + 効果 + 歩行練習, data=dat)
print(tab2)

mantelhaen.test(tab2) 

tab3 <- xtabs(
    ~ 筋トレ + 効果, 
    data=dat[dat$歩行練習=="あり",] 
)
print(tab3)

tab4 <- matrix(c(3, 9, 12, 6), 2, 2)
rownames(tab4) <- c("治療あり", "治療なし")
colnames(tab4) <- c("転倒あり", "転倒なし")
View(tab4)

library(mgcv) 
Epi::twoby2(tab4)

dat$効果n <- ifelse(dat$効果=="有効", 1 , 0)
glm(
    formula = 効果n ~ 筋トレ + 歩行練習,
    family = binomial,
    data = dat
)

dat$筋トレ <- factor(dat$筋トレ)

dat$筋トレ2 <- relevel(dat$筋トレ, ref="なし")
glm(
    formula = 効果n ~ 筋トレ2 + 歩行練習,
    family = binomial,
    data = dat
)